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ひと

2012/05/01

海洋生物「ホヤ」のデータベースを構築

興味のある分野に挑み 高いスキルを身につける
泊佳歩さん(生物理工学部3年)

「自分が興味があることや未知の領域を突き詰めたい。高校生のころからその思いは強かったですね」。北海道大学との共同研究の一環で、3月に海洋生物のホヤのデータベースを構築した。ホヤは幼生のときはオタマジャクシのように遊泳するが、成体になると海底の岩に固着する性質を持つ。またゲノムが解明されているため、海水を汚染する化学物質の量を調べるバイオセンサーとして注目を集めている。

データベースのデータ数は2万2千件。必要なゲノム情報のみを取り出す検索機能もつけられている。サバウ・バシレ・ソリン准教授(生物理工学部・札幌教養教育センター)の指導を受け、汎用性の高いオープンソースソフトウェア「LINUX」や「Ruby」を使い1年かけてゼロから作り上げた。「サバウ先生から声をかけられたのがきっかけ。医療技術や遺伝学に興味があったので飛びつきました」。高校でもパソコン部に入っていたが、データベースを作るのは初めて。インターネット上のさまざまなデータベースを調べ、学部の先輩にも質問しながら作っていった。

「本来は内気な性格」と言うが、サバウ准教授は「学科内でもアクティブで、私よりも顔が広いくらい」と笑う。「プログラムを組んでは、問題点を洗い出して再構築の繰り返し。失敗も多かったけれど、プログラムを作るうえで大切な感覚は身についた」と成果を感じている。「卒業論文では、ガン細胞など生態分野の研究をしたい。やるからにはしっかりとした成果を出したいので、今から勉強を始めています」 (加)

 
(写真)泊さんの作ったデータベースは、6月ごろに一般公開される予定だ

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